ISTI ha numerose collaborazioni attive con istituzioni, istituti di ricerca e università, sia a livello nazionale che internazionale. Riconoscendo l’impatto fondamentale delle azioni di training nel consolidamento della società dell’informazione e nella disseminazione di metodologie e tecnologie sviluppate da ISTI, l’istituto investe notevoli risorse sia nella formazione di studenti e giovani ricercatori, che nelle attività didattiche sviluppate in collaborazione con molte sedi universitarie tra cui, anche per ragioni di prossimità e di solidità del rapporto di collaborazione, si citano le tre università pisane.

ERCIM
ISTI è membro istituzionale dell'European Research Consortium for Informatics and Mathematics

GreyNet International
ISTI è membro istituzionale di GreyNet: a net dedicated to Research, Publication, Access, and Education on Grey Literature.

Toscana Spazio
ISTI è membro fondatore di Toscana Spazio ("Il Tirreno" - Cronaca di Livorno, 23 sett. 2012)

Eurographics Association
ISTI è membro istituzionale di Eurographics, the European Association for Comuter Graphics.